Il Museo del Vetro di Murano venne fondato nel 1861, quando, superato il periodo più oscuro che la storia del vetro muranese ricordi, dopo la caduta della Repubblica di San Marco (1797) e i lunghi anni di dominazioni straniere, Antonio Colleoni (1811-1855), allora sindaco dell’isola, e l’abate Vincenzo Zanetti (1824-1883), cultore di arte vetraria, riuscirono a far approvare in seno alla deputazione comunale il progetto di istituire un archivio nel quale potessero essere raccolte tutte le testimonianze reperibili ai fini di illustrare la storia e la vita dell’isola. Ben presto sull’archivio ebbe il sopravvento la parte museale, in virtù delle numerose donazioni di vetri prodotti nell’isola nei secoli trascorsi, e di vetri contemporanei, da parte dei titolari delle fornaci che, nella seconda metà dell’Ottocento, ricominciarono a lavorare con intenso impegno.

Vincenzo Zanetti, nel 1862, istituì anche una scuola, annessa al Museo, che nei giorni festivi i vetrai frequentavano studiandovi, oltre che disegno, anche i modelli dei vetri soffiati nel passato e ivi conservati.

Dopo l’annessione di Murano al Comune di Venezia, nel 1923, il Museo Vetrario passò a far parte dei Musei Civici di Venezia; le sue collezioni furono, infatti, soggette a un riordinamento, curato nel 1932 sulla base di più moderni criteri espositivi da Giulio Lorenzetti e da Nino Barbantini e furono accresciute dall’aggiunta dei vetri delle collezioni Correr, Cicogna e Molin, che annoverano, tra l’altro, i più bei pezzi rinascimentali del Museo. In seguito, i depositi della Soprintendenza archeologica permisero di istituire la sezione archeologica, della quale gli elementi di maggior prestigio sono i vetri provenienti dai centri dalmati di Jadera, Aenona e Asseria, le odierne Zara, Nona e Asseria. Anche oggi le collezioni del Museo, oltre che per mezzo di acquisti, vengono incrementate da donazioni da parte delle fornaci dell’isola, che vanno ad arricchire soprattutto la raccolta contemporanea.